臨床微生物學檢驗的核心是檢驗質量和安全。前者總體上講是指對服務對象(患者和醫師)全面負責的總體行為，包括建立滿足服務對象要求、全面系統的檢驗項目，提供準確無誤的實驗數據或結果，保證實驗結果正確并及時傳送。后者包括人員安全，實驗對象和環境安全。生物安全防護的內容包括安全設備、個體防護裝置和措施，實驗室的特殊設計和建設要求，嚴格的管理制度和標準化的操作程序及規程。現就醫院微生物室存在的問題和處理原則進行探討。
1 微生物學檢驗常見的問題
1.1 醫院管理的問題
1.1.1 醫院對微生物室的投入不夠 微生物學檢驗較臨床生化檢驗、免疫學檢驗成本高、技術性強、人員素質要求高，醫院對微生物室的軟件、硬件投人不夠，特別是近年心血管、腫瘤等疾病發病率上升，醫院管理者及醫務人員對傳染病的危險性及病原學檢驗的重要性有所忽視。臨床科室開展微生物檢驗項目，專挑一些效益好、操作簡單項目甚至采用給臨床醫師提供“開單費”吸納標本，為獲取局部利益，降低成本、取消室內質控、不參加室間質評。
1.1.2 臨床醫師對臨床微生物學新進展了解甚少 臨床醫師不能借助微生物學知識對疾病進行診斷、治療。由于醫師接收大量抗菌藥物信息，用藥前采集標本的原則遵循率低。有些醫師將切口感染誤診為“脂肪液化”。
1.1.3 職稱評定受限 臨床微生物學工作人員現大多數按技師資格評審職稱，人為地割斷了與臨床密不可分的聯系;某些院校技師職稱無研究生導師資格等，導致有一定臨床經驗同時具有豐富臨床微生物學經驗的人才缺乏，進而導致對新疾病病原缺乏預見性和警惕性，對生物恐怖缺乏足夠的應對能力。
1.1.4 危險崗位工作津貼發放不合理 津貼發放，微生物室與檢驗科一樣，低于感染病科和皮膚科的現象普遍存在。
1.1.5 收費方式不合理 目前各醫院微生物學檢驗收費方式采用按項目收費，由于標本分離的病原菌不可預知，常有多收的費不能退、少收的費補不回的情況。、
1.1.6 標本采集、運送過程中的問題 標本采集不合要求，采集方法和時間、使用容器不當，運送不及時，標本標示不清。