肺炎鏈球菌主要引起人類大葉性肺炎。部分正常人上呼吸道中攜帶有毒力的肺炎鏈球菌。由此可見呼吸道黏膜對肺炎鏈球菌存在很強的自然抵抗力。當出現某種降低這種抵抗功能的因素時，肺炎鏈球菌可引起感染。
①呼吸道功能異常：病毒及其他感染性因子損傷呼吸道黏膜上皮細胞；某些異常因素（如過敏）導致黏液的過度分泌，使侵入的病原菌受到保護；各種原因導致的支氣管阻塞及各種原因導致的纖毛功能損傷。
②酒精及藥物中毒：酒精及某些藥物中毒可抑制吞噬細胞的活性及咳嗽反射，有利于病原菌的吸人。
③循環系統功能異常及任何原因導致的肺充血、心功能衰竭。
④其他：營養缺陷、體質虛弱、貧血、血清補體水平低下等 。
肺炎鏈球菌引起的肺炎常突然發病，表現為高熱、寒戰、胸膜劇烈疼痛、咳鐵銹色痰。10%。20%的患者可于高熱期伴發菌血癥。其病理表現主要是最初肺泡內有大量纖維蛋白滲出液，繼之是紅細胞和白細胞向肺泡內滲出，最終導致病變部位肺組織實變。病變通常僅累及單個肺葉，故稱為大葉性肺炎。如果早期使用抗生素治療，可阻止肺實變發生。
肺炎鏈球菌也可侵入機體其他部位，引起繼發性胸膜炎、中耳炎、乳突炎、心內膜炎及化膿性腦膜炎等 。