乙酰唑胺在眼科短期及間歇使用中很少發生嚴重不良反應，某些不良反應是磺胺衍生物所共有的，也有些不良反應呈劑量相關性。
1、常見四肢麻木及刺痛感、惡心、食欲缺乏、困倦、體重減輕、抑郁、金屬樣味覺，腹瀉及多尿等。
2、偶見聽力減退以及首次用藥后出現暫時性近視、磺胺樣皮疹。
3、罕見剝脫性皮炎、粒細胞減少癥或再生障礙性貧血。
4、長期用藥可加重低鉀血癥、低鈉血癥、電解質紊亂及代謝性酸中毒等癥狀以及腎臟并發癥（如腎絞痛、結石癥、磺胺尿結晶、腎病綜合征等）。長期服用能引起感覺異常、胃腸功能紊亂、食欲缺乏、嗜睡、疲憊、暫時近視。長期服用易致低血鉀，應及時補充鉀鹽。該藥可使尿酸排出減少，治療期間有報道使痛風加劇者。對已有腎病的糖尿病患者，可使腎功能迅速減退。長期用藥尿呈堿性，磷酸鈣結晶易于沉淀，而發生腎結石，有時可發生急性腎功能衰竭。也可出現磺胺類的不良反應，如皮疹、結晶尿、粒細胞缺乏、再生障礙性貧血及血小板缺乏癥。