免疫器官根據分化的早晚和功能不同，可分為中樞免疫器官和外周免疫器官。前者是免疫細胞發生、分化、成熟的場所；后者是T、B淋巴細胞定居、增殖的場所及發生免疫應答的主要部位 。
中樞免疫器官（包骨髓和胸腺）。
骨髓：
骨髓是人和其他哺乳動物主要的造血器官，是各種血細胞的重要發源地。骨髓含有強大分化潛力的多能干細胞，它們可在某些因素作用下分化為不同的造血祖細胞，進而分化為形態和功能不同的髓系干細胞和淋巴系干細胞。淋巴系干細胞再通過胸腺、腔上囊或類腔上囊器官（骨髓），分別衍化成T細胞和B細胞，最后定居于外周免疫器官。哺乳動物和人的B細胞在骨髓微環境和激素樣物質作用下發育為成熟的B細胞 。
胸腺：
胸腺由突起連接成網狀的胸腺基質細胞（TSC）及網眼中的胸腺細胞、骨髓來源的單核一巨噬細胞、胸腺樹突細胞、結締組織來源的成纖維細胞等構成。胸腺皮質區密布了不成熟的胸腺細胞，它們逐漸向髓質區遷移，經過雙陰性細胞、雙陽性細胞，最終發育為成熟的單陽性胸腺細胞——T細胞。在這過程中，遍布于皮質、皮髓質交界處及髓質區的巨噬細胞（Mφ）、胸腺樹突細胞在胸腺細胞表面MHC陽性選擇和陰性選擇中起了相當重要的作用 。
胸腺示意圖
胸腺位于胸骨后、心臟的上方，是T細胞分化發育和成熟的場所。人胸腺的大小和結構隨年齡的不同具有明顯的差異。胸腺于胚胎20周發育成熟，是發生最早的免疫器官，到出生時胸腺約重15~20g，以后逐漸增大，至青春期可達30~40g，青春期后，胸腺隨年齡增長而逐漸萎縮退化，到老年時基本被脂肪組織所取代，隨著胸腺的逐漸萎縮，功能衰退，細胞免疫力下降，對感染和腫瘤的監視功能減低。胸腺具有以下3種功能：
1.T細胞分化、成熟的場所；
2.免疫調節：對外周免疫器官和免疫細胞具有調節作用；
3.自身免疫耐受的建立與維持。
外周免疫器官
外周免疫器官又稱二級免疫器官，是成熟淋巴細胞定居的場所，也是這些細胞在外來抗原刺激下產生免疫應答的重要部位之一，外周免疫器官包括淋巴結、脾臟、黏膜相關淋巴組織，如扁桃體、闌尾、腸集合淋巴結以及在呼吸道和消化道黏膜下層的許多分散淋巴小結和彌散淋巴組織 [4] 。這些關卡都是用來防堵入侵的毒素及微生物。研究顯示盲腸和扁桃體內有大量的淋巴結，這些結構能夠協助免疫系統運作。
扁桃體
扁桃體對經由口鼻進入人體的入侵者保持著高度的警戒。那些割除扁桃體的人患上鏈球菌咽喉炎和霍奇金病的機率明顯升高。這證明扁桃體在保護上呼吸道方面具有非常重要的作用。
脾：
脾
脾臟是血液的倉庫。它承擔著過濾血液的職能，除去死亡的血球細胞，并吞噬病毒和細菌。它還能激活B細胞使其產生大量的抗體。脾是胚胎時期的造血器官，自骨髓開始造血后，脾演變為人體最大的外周免疫器官。具有4種功能：
1.T細胞和B細胞的定居場所；
2.免疫應答發生的場所；
3.合成某些生物活性物質；
4.過濾作用。
淋巴結：
淋巴結是一個擁有數十億個白細胞的小型戰場。當因感染而須開始作戰時，外來的入侵者和免疫細胞都聚集在這里，淋巴結就會腫大，作為整個軍隊的排水系統，淋巴結肩負著過濾淋巴液的工作，把病毒、細菌等廢物運走。人體內的淋巴液大約比血液多出4倍。人全身有500～600個淋巴結，是結構完備的外周免疫器官，廣泛存在于全身非粘膜部位的淋巴通道上。淋巴結具有以下功能：
1.T細胞和B細胞定居的場所；
2.免疫應答發生的場所；
3.參與淋巴細胞再循環；
4.過濾作用。
黏膜相關淋巴組織：
淋巴結
黏膜相關淋巴組織（MALT）亦稱粘膜免疫系統（MIS），主要是指呼吸道、胃腸道及泌尿生殖道黏膜固有層和上皮細胞下散在的無被膜淋巴組織，以及某些帶有生發中心的器官化的淋巴組織，如扁桃體、小腸的派氏集合淋巴結（PP）及闌尾等。主要包括腸相關淋巴組織、鼻相關淋巴組織和支氣管相關淋巴組織等。
1.腸相關淋巴組織：包括派氏集合淋巴結（PP）、淋巴小結、上皮間淋巴細胞、固有層彌漫分布的淋巴細胞等。
⑴M細胞：是一種特殊的抗原轉運細胞。存在于腸集合淋巴小結和派氏集合淋巴小結。
⑵上皮內淋巴細胞：存在于小腸粘膜上皮內。約40%為胸腺依賴性，60%為非胸腺依賴性。在免疫監視和細胞介導的黏膜免疫中具有重要作用。
2.鼻相關淋巴組織：包括咽扁桃體、腭扁桃體、舌扁桃體及鼻后部其他淋巴組織。其主要作用是抵御經空氣傳播的病原微生物的感染。
3.支氣管相關淋巴組織：主要分布在各個肺葉的支氣管上皮下。其主要是B細胞。
盲腸
盲腸能夠幫助B細胞成熟發展以及抗體（IgA）的生產。它也扮演著交通指揮員的角色，生產分子來指揮白細胞到身體的各個部位。盲腸還能“通知”白細胞在消化道內存在有入侵者。在幫助局部免疫的同時，盲腸還能幫助控制抗體的過度免疫反應。病原微生物最易入侵的部位是口，而腸道與口相通，所以腸道的免疫功能非常重要。集合淋巴結是腸道黏膜固有層中的一種無被膜淋巴組織，富含B淋巴細胞、巨噬細胞和少量T淋巴細胞等。對入侵腸道的病原微生物形成一道有力防線。