1、在排除外來抗原異物時，激活并加強免疫應答反應；
2、外來抗原物質排除后，可使免疫應答自限減弱以至終止。
所以說免疫系統也是一柄雙刃劍：它即能排除外來因素（異己）的侵襲，從而保證了我們的生命，又能因免疫系統的陰差陽錯導致疾病的發生，在免疫調節功能紊亂時，對外來入侵物質不能正常反應、清除，會降低肌體的抗感染、抗腫瘤能力，或者對"異己"抗原產生高免疫應答性從而導致超敏感性，易造成機體組織的免疫損傷，發生變態反應性疾病，我們把前者稱為"抑制"，后者稱為"超敏"。
有時免疫系統也會打破對自身物質的不反應，而出現排斥自己的效應，則形成所謂自身免疫現象，如果造成了組織損傷，則可發生自身免疫性疾病，如類風濕性關節炎、系統性紅斑狼瘡,類風濕性心臟病等。