低聚糖的系統命名法,，因非還原性糖和還原性糖不同。非還原糖按照糖苷命名，例如蔗糖為非還原性二糖，可命名為葡萄糖苷或果糖苷，如圖《蔗糖的系統命名》所示，這兩個名稱都是正確的。糖苷鍵由兩個半縮醛羥基間形成，位置明確，無須用數字標明。
三糖以上的非還原性低聚糖的命名法與二糖相似，按照糖基-糖基-糖苷方式進行。用兩個數字標明糖苷鍵連接的有關碳原子，置于糖基名之間，在一個括號內，用箭頭分隔開，箭頭的方向是由半縮醛羥基碳原子指向醇羥基碳原子。
還原性二糖的系統命名，按照一個糖基取代另一個單糖的醇羥基的方式進行，由非還原糖基開始，用數字標明被取代醇羥基的位置，加上被取代的糖名。也可用兩個數字標明糖苷鍵連接的有關碳原子，置于括號內，用箭頭分隔開，箭頭的方向是由半縮醛羥基碳原子指向醇羥基碳原子。
二糖以上的還原性低聚糖，系統命名法與二糖相似。按照糖基-糖基-糖方式進行。從非還原糖基名開始，按順序列另一糖基名，最后為還原糖名，糖基名和糖名之間用括號和數字標明連接碳原子的位置。