在小兒時期，很多感染性疾病都可能伴有與腦炎相似的癥狀，其中以肺炎、痢疾、膿毒癥、敗血癥較為多見，其他如猩紅熱、白喉、百日咳、傷寒、霍亂、腎盂腎炎、流感、肝炎（暴發性）、瘧疾等亦可伴有顯著的腦癥狀。此外一些藥物和毒物如鉛、砷、一氧化碳、汞、錳、苯、酒精以及霉變甘蔗等也能引起類似癥狀。
