1.系統性紅斑狼瘡 可有眼部病變、口腔潰瘍及神經、心血管系統病變，但其病情進行性加重，并不呈周期發作性，而且LE細胞、抗核抗體陽性，這些異常發現決不見于白塞病。
2.韋格內肉芽腫 雖有眼部病變及多系統損傷，但其病情進行性惡化，肺部X線檢查可見有變化多端的浸潤影，有時可有空洞形成，組織病理特征為肉芽腫性血管炎，而且腎功能損害嚴重，無陰部潰瘍，針刺試驗陰性，很易與白塞病相鑒別。
3.結核性關節炎 有時伴有結節性紅斑，但無眼部損害及陰部潰瘍，一般也無心血管及神經系統損害，抗結核治療有效。雖然結核菌感染可引起白塞病，對抗癆治療有效，但結核桿菌引起的白塞病不僅有結節性紅斑和關節炎，而且還有血管系統、神經系統及黏膜改變，二者鑒別并不困難。
4.多發性大動脈炎 當白塞病以血管病變為主要臨床表現時，應與多發性大動脈炎相區別。后者主要表現為上肢或下肢無脈癥，無口腔、陰部潰瘍，組織病理改變為巨細胞動脈炎，無靜脈改變，針刺反應陰性，很少有皮損。
5.克羅恩病 腸道白塞病與克羅恩病有相似的臨床表現，但仍應作為兩種不同的疾病對待。不完全型腸道白塞病與克羅恩病都伴有口腔、會陰潰瘍者，臨床上不易鑒別。此時通過組織病理及血管造影可將兩者加以區分開來。