布氏桿菌肺炎臨床表現復雜，須與伴有發熱、關節炎、睪丸炎、腦膜炎及肝脾腫大等多種疾病相鑒別，常見的有以下幾種。
1、肺結核
活動性浸潤型肺結核、干酪性肺炎與急性粟粒型肺結核，都可引起急性發熱與肺部病變，但局限性癥狀如關節痛和神經痛不著，痰中可找到結核桿菌，結核菌素試驗陽性，抗結核藥物治療有效。
2、傷寒、副傷寒
稽留熱、玫瑰疹、出汗不著，肥達氏試驗陽性，血培養分離為傷寒或副傷寒桿菌。
3、瘧疾
發熱急劇，周期性寒戰，發熱反復發作，脾大明顯，血液或骨髓涂片可找到瘧原蟲。
4、風濕熱
白細胞增多，血沉明顯增快，心臟瓣膜及心肌病變，環形紅斑，抗鏈球菌溶血素“O”增高，對水楊酸制劑的療效好。
5、亞急性細菌性心內膜炎
通常發生在器質性心臟病的基礎上，新近出現的心臟雜音并有強度與質的改變，皮膚瘀點，栓塞現象，血培養陽性。 [3]
6、其他
應與類風濕關節炎、流行性感冒、敗血癥、兔熱病、鉤端螺旋體病、淋巴肉芽腫、病毒性肝炎、肝包蟲病、黑熱病、結核性睪丸炎、系統性紅斑狼瘡等相鑒別。