關于抗結核藥應用的時間，中國國內外大都采用長程療法，持續服用18～24個月。最少要在1年以上。公認此法的療效可靠，復發機會少。按照Lattimer腎結核分類的抗結核藥治療，在臨床前期腎結核用藥療程1年，在單個腎小盞有典型的結核病灶需用藥2年，而三個腎小盞或更廣泛的結核病變者則需用藥3年以上。Petkovio主張單側腎結核的治療期應為2年，在雙側腎結核用藥時間越長療效越好，故建議需持續4～5年，甚至6年以上。而Toman認為有利福平和乙胺丁醇組成的“兩期療法方案”，為前期開始強化階段1～3個月，應用異煙肼、利福平及乙胺丁醇或鏈霉素三種抗結核藥聯合服用，后期為繼續階段每4～12個月異煙肼及利福乎或乙胺丁醇兩種抗結核藥聯合服用，如此使用，其療效可顯著提高，即使給藥期在12個月以內亦可取得很好療效。長程療法的主要缺點是服藥時間過長，致使患者不能堅持規則服用藥物，常有漏服、加服、亂服等現象，致使細菌出現耐藥，藥物療效降低，尿結核桿菌持續陽性或結核控制后又有復發。據國內報道規則抗結核治療的成功率為90.3%，而不規則治療的成功率為43.7%。