DNA上蛋白質的結合部位,如一種操縱基因,如何能夠鑒定出來呢?
原來操縱基因是靠阻遏物的專一結合以免除核酸酶(nuclease)的攻擊的,通過DNA片段的分離與序列測定,即可確定其結構。但是這是一件極吃力的工作。利用限制性內切酶可以確切分離出蛋白質所接觸的部位的片段,就可以鑒定操縱基因的結構,與測定DNA序列的化學法相似,測定操縱基因的基本原則是：如果一條DNA片段被放射性原子所標記,這條鏈中任何斷裂部位從所產生的標記片段的大小即可推導出來。DNA片段的大小可以用高分辨的聚丙烯酰胺凝膠電泳所確定。這種方法稱為足跡圖法(foot-printing method),這是仿照用紙層析鑒定蛋白質的指紋圖法(finger printing method)命名的。結合部位靠結合蛋白使核酸酶的酶切作用被保護而不被切割。靠這種方法可以了解蛋白質在何處與DNA的糖磷酸酯骨架上的堿基及磷酸進行特殊接觸。