控制操縱子基因是屬于基因調節的一種，能使生物調控不同基因對環境條件的表現。操縱子調節可以是負向或正向的。負向調節涉及與阻遏基因與操縱基因的結合，以阻止轉錄。
在負向可誘導操縱子中，一個調節的阻遏蛋白質一般會與操縱基因結合，并阻止操縱子中基因的轉錄。若存在著一個誘導物分子，它會與阻遏蛋白結合，并改變它的構造，使它不能與操縱基因結合。
在負向可阻遏操縱子中，操縱子的基因轉錄一般都會發生。阻遏蛋白質會由調控基因所產生，但它們卻不能夠與操縱基因結合。但是，某些稱為共同抑制物的分子可以與阻遏蛋白質結合，并改變它的構造，使得它能與操縱基因結合。活躍化的阻遏蛋白質會與操縱基因結合，并阻止轉錄。
操縱子亦可以是正向調控的。當存在正向調控時，活躍基因會與DNA結合（一般是在非操縱基因的位點）而引發轉錄。
在正向可誘導操縱子中，活躍蛋白質一般不能與適切的DNA結合。但是，某些基底分子可以與活躍蛋白質結合，并改變它的構造，使之能與DNA結合及令轉錄進行。
在正向可阻遏操縱子中，活躍蛋白質一般都會與適切的DNA段結合。但是，某些分子可以與活躍基因結合，以阻止它與DNA的結合，從而阻止轉錄的發生。