(1)單純穿孔縫合術 適應證：①穿孔時間超出8小時，腹腔內感染及炎癥水腫嚴重，有大量膿性滲出液；②以往無潰瘍病史或有潰瘍病史未經正規內科治療，無出血、梗阻并發癥；③有其他系統器質性疾病不能耐受急診潰瘍手術。
對于所有的胃十二指腸潰瘍穿孔病人，需做活檢或術中快速病理檢查除外癌變，若為惡性病變，應行根治性手術。單純穿孔縫合術后潰瘍病仍需內科治療，Hp感染陽性者需要抗Hp治療。
(2)徹底性潰瘍手術 適應證：①如果病人一般情況良好，穿孔在8小時內或超過8小時，腹腔污染不重；②慢性潰瘍病特別是胃潰瘍病人，曾行內科治療，或治療期間穿孔；③十二指腸潰瘍穿孔修補術后再穿孔，有幽門梗阻或出血史者可行徹底性潰瘍手術。
手術方法除胃大部切除術外，對十二指腸穿孔可選用穿孔縫合術加選擇性迷走神經切斷術或選擇性迷走神經切斷術加胃竇切除術。