使用的抗原大多是相關性抗原，它們在腫瘤組織上強烈表達的在正常組織上也有表達，免疫系統對這些抗原已經“習以為常”。運氣好的，可以找到一兩個突變的腫瘤特異性抗原，但是這些抗原常常只對小于5%的某類腫瘤有效，而且效果難定，這讓癌癥科研人員十分苦惱。不僅如此，每種癌都有自己的特性，這也給研究人員帶來很大的麻煩。理論上，所有的癌癥都是可以進行免疫治療的，但是，只有少數幾種如黑色素瘤受到了科學家的關注，它是最早被發現有特異性抗原的。后來發現這種抗原并不是特異性的，使用多肽/蛋白質疫苗的試驗都失敗了。
晚期癌癥患者是疫苗研發商業公司比較喜歡的試驗對象，他們可以很快得到療效數據。但是，數十年的癌癥疫苗臨床數據告訴我們，免疫療法的效果，大多體現在早期癌癥患者，或者低度惡性癌癥患者，通過手術或者化療已經有效地把病灶減低到顯微水平上。有大概超過50%的癌癥患者，病情可以減輕到微小殘留病，這或許是癌癥疫苗最能發揮作用的階段。但是評估癌癥疫苗對最小殘留腫瘤的效果卻是另一個難題。
科學家給病人帶來一次又一次的希望，也給藥品的試驗設計和監管人員帶來了一場又一場的噩夢。如何檢測和評估他們的療效，讓他們絞盡腦汁。一個抗原，可能是特異性的，也可能只是強相關性的；特異性抗原，可能是普遍專一性的，也可能只是某個病人特有的。更復雜的，已有的30多種積極癌癥免疫疫苗分別采用了不同的生產方法，不同的檢測方法。試驗設計更是錯綜復雜，各自的病人對象有早期也有晚期，試驗的設計終止時間也有前有后，根據不同的診斷又有不同的采樣時間，結果自然很難評估。