如真菌性腸炎需與腸道腹瀉疾病鑒別：
1.霍亂
大流行現已少見，多為局部暴發流行。患者有劇烈吐瀉，吐瀉物呈米泔水樣或黃水樣，無腹痛，不發熱，常迅速出現嚴重脫水和微循環衰竭。吐瀉物直接鏡檢可見大量呈魚群樣運動的弧菌。
2.細菌性痢疾
終年均有發病，多見于夏秋季。主要病變是結腸的化膿性炎癥。患者嘔吐少，常有發熱，腹瀉伴腹痛、里急后重，左下腹壓痛。大便混有膿血，鏡檢可見紅細胞、膿細胞和巨噬細胞，培養有痢疾桿菌生長。
3.阿米巴痢疾
以散發為主。患者常隱匿起病，腹瀉輕重不一，毒血癥少，腹痛與里急后重不明顯，與真菌性腸炎頗為相似。但糞便與膿血不混合，典型者呈果醬樣，腥臭，鏡檢以紅細胞為主，可見吞噬紅細胞的阿米巴滋養體和夏科-雷登結晶。乙狀結腸鏡檢見腸黏膜散在潰瘍，邊緣整齊，充血隆起，潰瘍間黏膜正常。潰瘍涂片或活檢可見滋養體。
4.傷寒與副傷寒
副傷寒丙可呈胃腸炎型發作，但病程短，預后好，多在3～5天內恢復。傷寒與副傷寒甲、乙以高熱、全身毒血癥癥狀為主，可伴有腹痛，但腹瀉少。血或骨髓培養有傷寒或副傷寒桿菌生長即可確診。
5.局限性腸炎
或稱Crohn病，通常病史漫長，有明顯發作與緩解交替出現的現象。X線鋇餐顯示病變以回腸末端為主，有邊緣不全的線條狀陰影，病變呈節段分布，間以擴張的腸曲，即所謂脫漏征。
6.潰瘍性結腸炎
臨床表現為反復發作的腹瀉、膿血便，可伴有發熱。病變以乙狀結腸、直腸最為嚴重，或累及整個結腸。腸鏡檢查可見腸黏膜充血、水腫及潰瘍形成，黏膜松脆易出血。糞培養無致病菌生長。晚期病例X線鋇餐顯示結腸袋消失，腸管呈鉛管樣變化。
7.難辨梭狀芽胞桿菌性腸炎
兩者均常出現于應用抗生素治療之后，難辨梭狀芽胞桿菌多引起假膜性腸炎，其特征是結腸黏膜深處壞死性炎癥，出現滲出性斑或形成大片假膜。病原學檢測可以鑒別。
8.其他腹瀉
過敏性腹瀉有進食魚蝦或接觸變應原史，既往有類似藥物性腹瀉有服用瀉藥史；酶缺乏性腹瀉有遺傳病家族史。通過詳細詢問病史，結合糞病原學檢查，均不難鑒別。