當肺炎克雷白桿菌進入肺泡后，肺部自身的防御吞噬系統首先進行自我防御，以阻止感染。肺泡中對抗肺炎克雷白桿菌的主要是多形核粒細胞（PMN）。Rehm等研究表明：中性粒細胞缺乏的小鼠能很快清除肺泡內的金黃色葡萄球菌，但不能清除肺炎克雷白桿菌。研究表明：肺炎克雷白桿菌的微小莢膜可阻止吞噬細胞進入感染的中心區域內。從克雷白桿菌屬肺炎的動物模型中可發現：厚莢膜菌株致病力強的主要原因在于它對動物體內的吞噬作用有抵抗力。當細菌侵犯肺泡后，肺泡腔內充斥有大量中性粒細胞，通過顯微鏡可觀察到PMN在肺泡腔內吞噬肺炎克雷白桿菌的過程，由于細菌對肺內多種淋巴趨化因子的刺激，趨化因子釋放入肺泡內，誘發PMN不斷從循環中向肺泡腔補充，反應開始的4～6h內趨化成分主要是補體，之后12～24h是非補體趨化因子的作用。