1．標本依據病情可采取膿汁、血液、腦脊液、尿液和骨髓穿刺液等。食物中毒取剩余食物、患者嘔吐物及糞便等不同標本。
2．直接涂片鏡檢取標本涂片，革蘭染色后鏡檢。一般根據細菌形態、排列和染色特性可做出初步診斷。
3．分離培養和鑒定將標本接種至血瓊脂平板，37℃孵育18～24 h后挑選可疑菌落行涂片染色鏡檢。血液標本需經肉湯培養基增菌后，再接種到血瓊脂平板。致病性葡萄球菌的主要特點：菌落有金黃色色素、有溶血性，凝固酶試驗陽性，發酵甘露醇。
4．藥物敏感試驗金黃色葡萄球菌易產生耐藥性變異，約90%的菌株產生β-內酰胺酶而耐藥。對臨床分離的菌株，必須做藥物敏感試驗，以確定敏感藥物。
5．葡萄球菌腸毒素檢查 用于葡萄球菌性食物中毒的診斷。常用方法有動物實驗、ELISA等。也可用特異的核酸雜交技術和PCR技術檢測葡萄球菌是否為產腸毒素的菌株。