真核生物轉錄起始過程十分復雜，往往需要多種蛋白因子的協助，轉錄因子與RNA聚合酶Ⅱ形成轉錄起始復合體，共同參與轉錄起始的過程。根據轉錄因子的作用特點可分為二類；第一類為普遍轉錄因子,它們與RNA聚合酶Ⅱ共同組成轉錄起始復合體時，轉錄才能在正確的位置開始。除TFⅡD以外，還發現TFⅡA，TFⅡB，TFⅡF，TFⅡE，TFⅡH等，它們在轉錄起始復合體組裝的不同階段起作用。第二類轉錄因子為組織細胞特異性轉錄因子，這些TF是在特異的組織細胞或是受到一些類固醇激素\生長因子或其它刺激后，開始表達某些特異蛋白質分子時，才需要的一類轉錄因子。