酮康唑進行了一組標準的非臨床毒理試驗。
12個月的犬長期毒性試驗顯示酮康唑有肝毒性作用。本品可使堿性磷酸酶明顯上升，肝細胞變性。18個月大鼠的長期試驗紀錄了腎臟、腎上腺和卵巢微小的病理學變化。另外，雌性大鼠的骨骼脆性增加。以上試驗中，尚未觀察到不良反應的劑量(NOAEL)為10mg/kg/天。
生殖毒性研究中，高濃度的酮康唑，母體毒性劑量(不低于80mg/kg/天)，會損傷雌性大鼠的生育能力，產生胚胎毒性和幼仔畸形[少指(趾)和蹼指(趾)]。劑量為40mg/kg的大鼠和家兔試驗中，酮康唑沒有胚胎毒性和致畸性，且對生育能力無影響。160mg/kg以下任何劑量的酮康唑對小鼠無致畸作用。
酮康唑無致癌性和遺傳毒性。
電生理研究表明酮康唑有抑制細胞快激活延遲整流鉀電流的作用，延長動作電位持續時間，可能延長QT間期。