充分利用藥用資源 由于高通量篩選依賴數量龐大的樣品庫，實現了藥物篩選的規模化，較大限度地利用了藥用物質資源，提高了藥物發現的幾率，同時提高了發現新藥的質量。
微量篩選系統 由于高通量篩選采用的是細胞、分子水平的篩選模型．樣品用量一般在微克級（μg），節省了樣品資源，奠定了“一藥多篩”的物質基礎，同時節省了實驗材料，降低了單藥篩選成本。
高度自動化操作 隨著對高通量藥物篩選的重視程度不斷提高，用于高通量藥物篩選操作設備和檢測儀器都有了長足發展，實現了計算機控制的自動化，減少了操作誤差的發生，提高了篩選效率和結果的準確性。
多學科理論和技術的結合 在高通量篩選過程中，不僅應用了普通的藥理學技術和理論，而且與藥物化學、分子生物學、細胞生物學、數學、微生物學、計算機科學等多學科緊密結合。這種多學科的有機結合，在藥物篩選領域產生大量新的課題和發展機會，促進了藥物篩選理論和技術的發展。