在芹菜種植時為提高產量、避免病蟲害，農民大量使用農藥，這導致芹菜中的有害物質超標，由此帶來的負面影響日益突出，影響了消費者的食用安全和農產品貿易。近年來國內通過農藥殘留速測儀對芹菜中有機磷殘留物進行長期監測，并對相關方法進行了研究。
通過農藥殘留速測儀檢測不同來源樣品農藥殘留超標情況比較從3種不同類型的芹菜抽樣點農藥殘留檢測結果比較來看，生產基地芹菜農藥殘留超標率最高，達到11.1%;其次為批發市場和農貿市場，超標率均為5.6%。產地芹菜農殘超標率偏高可能是由于抽樣時有些芹菜正處在生長期，部分農戶在施藥后未到采收期就進行了采收的緣故。也可能是芹菜從基地到批發市場再到農貿市場流通的過程中農藥降解的緣故。
造成芹菜農藥殘留主要原因是由于農資市場管理不嚴以及沒有正確幫助農民如何合理的施用農藥。農資市場管理混亂，農藥監管不力是造成6城市部分芹菜農殘超標的重要原因。由于害蟲產生抗藥性，農藥市場混配農藥呈增加趨勢，而我國尚無相關規范標準。因此加強對農藥生產、銷售和使用的監管可從源頭上控制芹菜農藥殘留。相關部門沒有通過農藥殘留測定儀對農民進行合理用藥指導是造成農殘的一個原因。通過農藥殘留測定儀研究顯示長期以來在農業生產上大量使用化肥農藥，害蟲天敵急劇減少或滅絕，生態平衡遭到破壞，病蟲害常爆發成災，加劇了農藥的大量使用，致使芹菜生產基地農藥殘留量高也是原因之一。