在DNA序列未知而必須首先進行克隆以便繪制酶譜和測序時，也常應用克隆。
克隆探針一般較寡核苷酸探針特異性強，復雜度也高，從統計學角度而言，較長的序列隨機碰撞互補序列的機會較短序列少，克隆探針的另一優點是，可獲得較強的雜交信號，因為克隆探針較寡核苷酸探針摻入的可檢測標記基因更多。但是，較長的探針對于靶序列變異的識別能力又有所降低。
對于僅是單個堿基或少數堿基不同的兩序列，克隆探針不能區分，往往雜交信號相當。這既是其優點，又是其缺點。
優點是當用于檢測病原微生物時，不會因病毒或細菌DNA的少許變異而漏診，缺點則是不能用于點突變的檢測。這種情況下，通常要采用化學合成的寡核苷酸探針。