迄今，炎癥性腸病病因、發病機制未明。多認為由多種因素相互作用所致，包括遺傳、感染、精神、環境、飲食、黏膜局部免疫紊亂等因素。目前認為IBD發病機制可能為：某些遺傳決定因素使易感個體易于患病，在感染因子或腸腔內抗原的作用下刺激黏膜相關淋巴組織，引起上調的T細胞反應，由此激活各種細胞因子的網絡，使局部組織發炎，并不斷放大和持續，引起腸壁的損傷和相應的臨床表現。
