衛星DNAPCR擴增的高度靈敏性、高度特異性使得微衛星的檢測十分方便而且準確。傳統的方法是將PCR產物在非變性或變性聚丙烯酰胺凝膠中電泳進行基因分型。對于熒光素、同位素或生物標記的引物,可以采用其相應的顯示方法,而對不帶標記的引物可以銀染后觀察結果。熒光標記自動測序技術的發展使得微衛星DNA的基因分型變得快速、準確,從而大大地提高了微衛星標記分型效率和準確率,同時節約了實驗成本和時間,使得應用微衛星進行了大規模基因組掃描成為可能。