PCR雖然能擴增包括福爾馬林固定、石蠟包埋組織的各種標本的DNA，但擴增的DNA或RNA產物不能在組織細胞中定位，因而不能直接與特定的組織細胞特征相聯系，這是該技術一個局限性。原位雜交雖具有良好的定位能力，但由于其敏感性問題，尤其是在石蠟切片中，尚不能檢測出低含量的DNA或RNA序列。而原位PCR可使擴增的特定DNA片段在分離細胞和組織切片中定位，從而彌補了PCR和原位雜交的不足。
組織芯片和傳統的病理切片進行原位PCR異同
兩者實驗所需試劑沒有差別，但由于組織芯片的高通量特點，比起傳統的病理切片來說，所加的試劑量要遠遠低于病理切片，勞動強度也大大降低。