瘧原蟲、利氏曼原蟲等的r RNA序列的高度一致也認為是通過基因轉換實現的。
Enea等在研究瘧原蟲的r RNA的進化時比較了惡性瘧原蟲和伯氏瘧原蟲的r RNA序列, 發現它們的r RNA基因并非由同一祖先獨立進化而來的, 而是通過基因轉換的方式實現物種間基因致同進化的。
賈第蟲被認為是一種極原始的原生生物。大部分證據都認為其至少為四倍體, 不存在有性生殖方式, 而其等位基因序列之間的差異非常低, 遠低于0.1%, 我們初步的研究結果提示可能存在基因轉換這種機制保持這種高度等同。
