離子源要實現大氣壓下電離要采用高純氮氣對樣品進行霧化和脫溶劑，實現液態到氣態的轉化，另外在采樣錐孔處裝有低氣速的氮氣反吹氣，可以對采集離子起到凈化作用，并可降低源內簇離子的形成幾率。實際工作中獲得高純度氮氣的途徑有使用大體積液氮罐(180L)儲存和氮氣自動發生器兩種，目前大多都采用了液氮罐儲存的方式。
另外，從MS1得到的具有一定動能的分子離子(母離子)，在碰撞室內號隋性氣體發生碰撞，碰撞過程中離子部分動能轉化為自身內能，導致離子自身裂解產生碎片離子(子離子)，質譜碰撞室內一般都使用高純氬氣來滿足儀器需要。氮氣和氬氣的純度分別要在99％和99.9％以上，而且都要用減壓閥控制，分壓分別控制在9o一100psi(0.6—0.7MPa)和l5—20psi(0.1—0.2MPa)為最佳，使用時不要反復開關減壓閥，氣體的開關可由軟件直接控制。