多重PCR基本原理與常規PCR相同,區別是在同一個反應體系中加入一對以上的引物,如果存在與各對引物互補的模板,則它們分別結合在模板相對應的部位,同時在同一反應體系中擴增出一條以上的目的DNA片段。多重PCR反應體系的組成和PCR循環的條件需要經過優化以確保同時擴增幾個片段。
理論上只要PCR擴增的條件合適,引物對的數量可以不限,但由于各種條件的限制,實際能夠擴增的引物對數量是有限的。
PCR結果的分析方法有以下幾種,包括:瓊脂糖凝膠電泳、聚丙烯酰胺凝膠電泳、核酸雜限制性酶切分析、核酸測序等,其中瓊脂糖凝膠電泳是最簡單、最快速的方法,但是與聚丙烯酰胺凝膠電泳相比分辨率比較低。限制性酶切分析需要將PCR產物回收酶切后再次電泳,耗時費力,難以推廣應用。
核酸測序是鑒定PCR產物最可靠的方法,但需要專門的測序儀器,并且需要花費的時間也比較長。如果要將鑒定感染性疾病病原的多重PR方法用于臨床及現場流行病學調查,瓊脂糖凝膠電泳是最佳的選擇