根據病史、家族史和實驗室檢查典型病例診斷并不困難。FⅨ：C測定具有診斷意義。一些輕型病例或亞臨床型病例由于無明顯出血病史容易漏診，常在外傷、拔牙和手術后出現異常出血而得到診斷。
1.首先應與血友病甲鑒別， 兩者具有同樣的遺傳類型和出血癥狀，但實驗室檢查容易做出鑒別。
2.其他出血性疾病如血管性血友病和其他凝血因子缺乏癥可以根據臨床特點、遺傳類型以及實驗室檢查加以鑒別。
3.血友病乙還需與獲得性維生素K依賴因子缺乏鑒別，肝病，雙香豆素類藥物以及長期使用抗生素可引起維生素K缺乏，但這些情況下一般有多個維生素K依賴因子而不是僅FⅨ缺乏。發生于非血友病的獲得性FⅨ抑制物非常罕見。