密碼子的使用模式在細胞核和細胞質遺傳物質之間也存在差異,如核基因中的起始密碼子只有ATG,而線粒體基因中的起始密碼子為ATN;核基因中的終止密碼子TGA在線粒體基因中用來編碼色氨酸等。因此,可以通過比較密碼子的使用模式,來進行真核生物核糖體在細胞內以及未知基因在基因組的定位。