傳統的手工挑取微生物克隆是一個費時煩人且易出錯的過程。微生物克隆篩選系統一小時可以完成3000 個克隆的挑取，而一個熟練的人工只能挑取約600 個克隆。自動化系統的速度相比人工提高了至少5 倍，最關鍵的是更加準確，有效性>98%。微生物克隆篩選系統的熒光成像模塊可以顯著減少下游的工作量，因為通過對熒光蛋白表達的定量，實現了有目的性篩選，確保只挑感興趣的克隆。
多組熒光波長濾光片可以靈活選擇多樣的熒光克隆載體，獲得所有克隆的客觀和定量的熒光數據。當研究蛋白折疊或分泌、酶進化或蛋白定位的時候，可以追蹤熒光蛋白獲得單個克隆的獨特數據。此外，還可以篩選某種轉化標記或者篩選突變體。
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