微生物實驗有藥敏試驗、血凝實驗、PCR、中和實驗、瑞氏染色。
藥敏試驗主要是通過測定抑菌圈的范圍來確定藥物的療效。血凝實驗是通過測定病毒與紅細胞反應的濃度測定其抗體效價。PCR是細菌主要通過16srRNA確定其細菌的種類。中和實驗主要測定病毒的稀釋濃度。革蘭氏染體確定是革蘭氏陽性還是陰性。瑞氏染色主要是對細菌染色。
微生物學的基本實驗技術有濕熱滅菌法，是指用飽和水蒸氣、沸水或流通蒸汽進行滅菌的方法，由于蒸汽潛熱大，穿透力強，容易使蛋白質變性或凝固，所以該法的滅菌效率比干熱滅菌法高，是最常用的滅菌方法。
煮沸滅菌法：將水煮沸至100攝氏度，保持5-10分鐘可殺死細菌繁殖體，保持1-3小時可殺死芽胞。在水中加入百分之一至百分之二的碳酸氫鈉時沸點可達105攝氏度，能增強殺菌作用，還可去污防銹。此法適用于食具、刀箭、載玻片及注射器等。
微生物實驗的用途：
檢測食品和飲用水中的微生物，微生物在食品和飲用水中的污染會引起食源性疾病，通過微生物實驗可以檢測到其中是否存在細菌、真菌、病毒等各種微生物，從而保障公眾健康安全。
檢測環境中的微生物，微生物可以反映出環境中的污染情況，如空氣中的菌落總數、土壤中的細菌、水中的藻類、真菌等等，微生物實驗可以幫助監測和評估環境衛生狀況。醫學診斷，微生物實驗可以幫助醫生確定患者體內是否存在特定的細菌或病毒，從而確定相應的治療方案。
微生物實驗也是研究微生物學領域中各種微生物的形態、生理、代謝、遺傳等基礎知識的重要手段。制藥過程中的質量控制，許多藥品的生產需要使用微生物，如青霉素、鏈霉素等，微生物實驗可以確保藥品中的微生物達到一定的標準并且不會對人體產生危害。
