抗磷脂抗體綜合征常同時具有多種臨床表現。原因不明的靜脈血栓是抗磷脂抗體綜合征最常見的癥狀。但腫瘤、口服避孕藥、腎病綜合征、血小板增多癥、抗凝血酶Ⅲ缺乏、蛋白C缺乏、蛋白S缺乏、異常纖維蛋白原血癥、紅細胞增多癥、陣發性睡眠性血紅蛋白尿及尿高胱氨酸血癥等疾病均可出現血栓形成，診斷時需加以鑒別。抗磷脂抗體綜合征的血栓形成易反復發生，但每一次一般為單一的血栓，散發于不同的血管，反復發作的間隔時間常為幾個月至幾年。少數重癥抗磷脂抗體綜合征，短時間內出現廣泛的血管內凝血，需與敗血癥、血栓性血小板減少性紫癜及DIC相鑒別。抗磷脂抗體綜合征另一常見癥狀是反復流產，而且許多患者可能因流產為最初表現而被診斷為抗磷脂抗體綜合征。但流產是婦產科常見的疾病之一，許多其他因素均可引起，必須加以除外，如子宮異常、其他的系統性疾病、慢性感染及遺傳因素異常等。