在臨床應用抗結核藥的早期，一般都采用單藥治療，現在則主張兩種或兩種以上抗結核藥聯合應用。單藥治療的最大缺點是容易產生耐藥，也容易出現毒性反應。若聯合應用兩種藥物，耐藥的出現時間可延長1倍，并用三種藥物可延長3～4倍。
（1）抗結核藥的選擇與聯合應用 現在對各種抗結核藥的深入研究療效觀察，認為異煙肼、利福平、吡嗪酰胺及鏈霉素是抗結核的第一線藥物。異煙肼殺結核桿菌力強，對細胞內外繁殖的結核桿菌均有殺滅作用，并能透進干酸性病灶及巨噬細胞內。利福平能在短期內殺滅分裂中的結核桿菌，并能進入腎空洞及巨噬細胞內。吡嗪酰胺在酸性環境中有更強的殺菌作用，能透入巨噬細胞內。巨噬細胞內的pH低，這正是吡嗪酸胺發揮殺滅細菌作用的場所。鏈霉素對分裂旺盛的結核菌有很好的殺滅作用，它能透進結核膿腔。
關于抗結核藥的具體應用，現在均采用兩種或三種抗結核藥物的聯合應用。目前一般采用異煙肼和利福平兩者聯合，或利福平與乙胺丁醇聯用。而鏈霉素、利福平、吡嗪酰胺或異煙肼、鏈霉素、利福平，或異煙肼、鏈霉素、乙胺丁醇或異煙肼、利福平、乙胺丁醇等三者聯合應用亦常為臨床所選用。
（2）抗結核藥應用的療程 隨著新的有效抗結核藥的不斷出現，臨床上抗結核藥的治療方法也有了明顯改變。在治療時必須堅持早期、聯合、足量、足期和規律用藥五項原則，才能取得最好的治療效果。現在采用的治療方案有以下幾種：
長程療法：關于抗結核藥應用的時間，國內外大都采用長程療法，持續服用18～24個月。最少要在1年以上。公認此法的療效可靠，復發機會少。
短程療法：短療程的基本目的是盡快殺滅結核病灶中的結核桿菌，使病變組織修復取得持久的臨床治愈。近些年來出現了新的抗結核殺菌藥物，因此抗結核的短程治療才有可能。短程療法要取得成功，至少需要應用兩個殺菌的藥物，如異煙肼、利福平，再加上一種半殺菌藥物，如吡嗪酰胺、鏈霉素等。概括短程療法有以下優點：①治療時間較長程療法縮短一半或更多時間。②減少用藥總量。③減少慢性藥物中毒機會。④節約費用。⑤易取得病人合作，可規則服藥。
由于結核桿菌生長繁殖有一定的規律性，同時結核桿菌在接觸抗結核藥后其生長受到抑制，如接觸鏈霉素，吡嗪酰胺、利福平等，以后可使生長期分別延緩為8～10天、5～10天，及2～3天，因此抗結核藥的應用可根據這些特點間歇用藥，將給藥時間間歇在1天以上，也可取得與連續長程療法相同的效果。在國內一般在最初3個月內按長程療法用藥，以后再改用間歇用藥治療，但藥物的用量與長程療法相同，因此副作用較少，療效也較好。
（3）抗結核藥的停藥標準 在抗結核藥治療過程中，必須密切注意病情的變化，定期進行各種有關檢查，病變已經痊愈，則可考慮停止用藥。目前認為可以停藥的標準如下：①全身情況明顯改善，血沉正常，體溫正常。②排尿癥狀完全消失。③反復多次尿液常規檢查正常。④24小時尿濃縮查抗酸桿菌，長期多次檢查皆陰性。⑤尿結核菌培養、尿結核菌動物接種查找結核桿菌皆為陰性。⑥X線泌尿系造影檢查病灶穩定或已愈合。⑦全身檢查無其他結核病灶。
在停止用藥后，病人仍需強調繼續長期隨訪觀察，定期作尿液檢查及泌尿系造影檢查至少3～5年。