挑選基因芯片的小技巧

上一期給大家聊了聊芯片vs RNA-seq哪個好（點我點我），但很多同學可能會發現，市場上的基因芯片有好多種啊，不知從何入手？今天就來818挑選基因芯片的小技巧。一句話—— 看研究目的。

先給大家科普兩個詞：

基因表達量：檢測基因表達量的芯片一般針對某個基因的的所有轉錄本設計探針，經過對每個探針信號的算法，得到整個基因的表達量，經常聽到的表達譜芯片就屬于這一種。

轉錄本表達量：針對每個基因不同轉錄本設計探針，除了分析基因表達量之外，還可以單獨分析每個轉錄本的表達量（那就可以用來研究大熱的可變剪接啦）。據小編所知，目前能做到這一點的，只有Affymetrix的HTA（新一代叫做Clariom）系列的芯片。

那么具體做研究的時候，有哪些選擇方案呢？

選擇1：大家是想找機制，還是找一個研究的靶標？

機制簡單說來就是找變化的信號通路，而目前我們研究的信號通路基本都是由編碼基因組成的，因此選擇芯片的時候，只需要基因表達譜就可以了。

選擇2：找靶標，那是編碼基因呢，還是非編碼呢？

編碼基因同上就好。上一篇文章也提到了，編碼基因一直都是研究的主流，因此芯片價格也相對較低，性價比非常高。

但發文章的熱點也是可以追一追的，說不定就成了明星（CNS）同款了呢。非編碼的話，根據研究的對象主要分為兩種miRNA，lncRNA。miRNA因為片段短，會有專門的探針設計方法，常常是獨立成一款芯片的。而lncRNA，因為它的機制最終也歸結到調控編碼基因的表達，因此像Affymetrix之類的生產商就將它和編碼RNA放在了一張芯片上，一次性就可以搞定兩種，還可以研究它們相互之間的表達調控關系，非常的方便。

lncRNA研究注意點：

人、大小鼠等模式生物，編碼基因基本都已經發現了，因此不同廠家的芯片檢測的基因是差不多的，就是那么20000多個。但LncRNA相對而言是新東西，近幾年成了熱點之后才有了一個大爆發，發現了很多新的lncRNA分子，因此選擇芯片的時候，一個很重要的問題就是探針設計及注釋來源的數據庫新不新了，如果還是好幾年前的lncRNA芯片，那可能就會錯失很多有意思的東西啦。