常規PCR反應采用導熱性較差的塑料管作為反應容器，對于100~1樣品，樣品溫度要比槽板溫度滯后20—30s，加上槽板升降溫度較慢(1’C／s)，因此30個循環反應通常需要2～6h，循環時間多浪費在加熱和冷卻樣品過程中，不能滿足臨床快速診斷的需要。
毛細管PCR由于采用導熱性遠強于塑料管的毛細管作為反應容器，使得樣品溫度滯后時間小于1s，對于擴增500bp的片段，延伸反應10s就可完成；對于10／A1的樣品，變性和復性均能在1s內完成；另外，毛細管PCR儀采用高速空氣流作為加熱和冷卻的介質，保證了溫度的均一性、溫度的迅速變化及樣品和空氣間的快速熱傳導，使得樣品溫度變化率可達5～10~C／s，因此毛細管PCR儀能夠在短至15min內完成30個循環。而儀器方面則出現了相應的附件用于承載裝有樣品的毛細管。
目前，PCR的發展主要集中在擴增條件的完善、擴增產物檢測方法的改進和擴增產物由定性分析向定量分析轉變上。