1.常規檢查：血常規，血小板，出，凝血時間，凝血酶原時間等一般性檢查，全身性出，凝血疾病時，出，凝血相檢查有異常改變，如DIC或維生素K缺乏癥等，先天性同種免疫性或被動免疫性血小板減少性紫癜或各種先天性凝血因子缺乏癥出，凝血相異常。
2.糞便檢查：發現紅細胞，潛血試驗強陽性，急性胃腸炎患兒可有黏液血便，鮮血便等。
3.Apt試驗：以鑒別血液為母血還是新生兒自身的血，取嬰兒嘔吐物或糞便中血性物，加5倍水攪勻，以2000轉/min速率離心2min，取粉紅色上清液(5份)于試管內，加1%氫氧化鈉(1份)，2min后觀察結果，若試液由粉紅色轉變成黃棕色，示為成人型血紅蛋白(HbA)說明血液為母血；如仍為粉紅色則血液來自新生兒，新生兒咽入自己鼻咽腔或氣道中的血液，主要為胎兒型血紅蛋白(HbF)。
4.內鏡
(1)纖維食管鏡，胃鏡，十二指腸鏡檢查：它優于X線鋇劑造影，確診率達75%～90%，而后者僅為50%，能確定Treitz韌帶以上或以下部位出血；能看到出血來源(陽性率為77%)及具體出血情況；能在直視下進行活檢和止血；并能觀察到X線檢查不易發現的淺表，微小病變；在急性出血時亦可進行檢查，小兒用GIF-P2或GIF-P3型鏡，在全麻或局麻加安定及阿托品下進行，鏡檢前必須糾正凝血障礙和血流動力學的不穩定狀態，保持呼吸道通暢，并用抗生素預防感染。
(2)纖維直腸鏡，結腸鏡檢查：首先進行直腸鏡檢查，做結腸鏡檢查前，一般先做鋇灌腸檢查，此與上消化道鏡檢查有所不同，用PCF(Olympus)或FC-34MA型內鏡，小嬰兒也可用小口徑胃鏡替代。
5.X線檢查
(1)腹部平片：采取仰臥，直立或側臥位腹部平片，可排除腸梗阻和腸穿孔，對新生兒小腸扭轉，壞死性腸炎及胎糞性腹膜炎尤為重要。
(2)鋇劑造影：稀鋇餐在非急性出血期造影是有一定價值的，常常加甲基纖維素作雙層對比，也可在十二指腸插管后注入鋇劑作小腸造影檢查(加或不加甲基纖維素)，鋇灌腸常有助于腸套疊之診斷。
6.核素掃描：是一種有效而準確的檢查方法，利用99mTc-硫膠或其他锝酸鹽標記的紅細胞掃描，對亞急性或間歇性出血者最有價值，假陽性達15%，而假陰性達25%。
7.血管造影術：用于1.5～2.0ml/min以上的出血病例檢查，對出血量大不能手術的病例，可試用栓塞法止血，但因有上述一系列更先進無損傷的檢查方法，故目前此方法已很少用。