核酸疫苗也稱之為DNA疫苗或裸DNA疫苗。它與活疫苗的關鍵不同之處是編碼抗原的DNA不會在人或動物體內復制。
核酸疫苗應包含一個能在哺乳細胞高效表達的強啟動子元件例如人巨細胞病毒的中早期啟動子；
同時也需含有一個合適的mRNA轉錄終止序列。肌內注射后，DNA進入胞漿，然后到達肌細胞核，但并不整合到基因組。作為基因槍方法的靶細胞，肌細胞和樹突狀細胞均沒有高速的分裂增殖現象，他們與質粒也沒有高度的同源，故同源重組可能性較小。
