①原生質體的分離。植物細胞之間有果膠質粘連，每個細胞之外還有一層纖維素組成的壁，因此，在分離原生質體時，首先要在一定濃度的酶液(果膠酶與纖維素酶)中保溫，消去果膠質與纖維素后才能使原生質體分離出來。
②原生質體的融合。不同種之間原生質體的融合，須選用一種融合誘導劑(聚乙二醇，或高鈣CaCl2.2啹O,0.05M溶于甘露醇 0.4M和pH10.5)誘導融合。它們的誘導率可達20～50%。
③雜種細胞的選擇與培養。細胞融合后要把雜種細胞選擇出來。一般都利用各種生化指標和遺傳標記來選擇和鑒定。
例如，使用天然的或人工誘變的突變體，如白化苗、營養缺陷型、抗藥性突變體等，或根據不同材料對激素敏感性不同，生長差異等，來設計適合的選擇系統。如果融合的原生質體一個是白化，另一個具葉綠體,就可用機械的方法，把融合的細胞在倒置顯微鏡下把它們挑選出來進行培養。這些細胞培養到各個發育階段，如愈傷組織、分化苗和根，都需要更換培養基，才能使它們順利地再生成植株。