典型的蕈樣肉芽腫的病程呈慢性進行性過程，自紅斑期，進入斑塊期，最終發展至腫瘤期達數年到數十年。
1.紅斑期
又名蕈樣前期。皮損分為非萎縮性斑片和萎縮性斑片兩種類型。前者表現為扁平、淡紅色、鱗屑性斑片，此型進展較快，可數月或數年內進入斑塊期，甚至出現內臟病變。后者表現為表皮萎縮、光亮或出現皺紋，伴有毛細血管擴張，色素沉著或減退。此型可長期存在無變化。皮損多發生于軀干。
瘙癢常為早期或惟一的自覺癥狀，這種瘙癢常難以忍受，常規治療難以緩解，并可長期持續存在。
2.斑塊期
又名浸潤期，常由紅斑期進展而來。此期浸潤不斷增加，往往呈暗紅色厚墊狀、環狀或不規則狀隆起斑塊，表面緊張、光亮、高低不平，甚至呈疣狀或表面反復滲出結痂呈礪殼狀。浸潤斑塊可反復全身，也可局限于某些原發皮損部位。皮損顏色呈淡紅、黃紅色、磚紅的、暗紅色至紫紅色不等。斑塊有的可自行消退而不留痕跡，亦可融合為大的斑塊邊緣呈環狀弓形或匍行性。值得注意的是，不同斑塊、甚至同一斑塊的不同部位，浸潤程度往往不一致。有時在紅斑基礎上出現不規則的浸潤或散在小結節狀的浸潤，這些特殊表現對診斷有意義。
3.腫瘤期
在浸潤斑塊的基礎上逐漸出現腫瘤。常常在陳舊浸潤斑塊的邊緣或中央發生。腫瘤向表面突起，甚至如蕈樣，時有破潰，也可以如半球狀，基底浸潤較寬。腫瘤迅速增大，數目增多。顏色為灰白、黃紅、棕紅色。腫瘤多見于面部、背部和四肢近端。完整的腫瘤一般無痛感。破潰者有劇痛。腫瘤破潰后留有萎縮性瘢痕，色素改變。
此外可見毛發稀少，甲營養不良掌跖角化有時全身性色素增深。偶亦見毛囊性黏蛋白病，色素減退損害。
可見淋巴結腫大，此時往往內臟器官也有病變。幾乎所有內臟器官均可受累。晚期病人可有貧血。