巨細胞病毒感染如果沒有并發器官損傷，一般情況下，不需要特殊治療，但要定期監測。更昔洛韋是美國食品和藥物管理局第一個批準用于治療嚴重先天性巨細胞病毒感染的藥物。更昔洛韋抗病毒治療指針主要包括：
1.有明顯巨細胞病毒感染的相關性疾病，如巨細胞病毒性肝炎、間質性肺炎、腦炎和視網膜脈絡膜炎，尤其是艾滋病患兒。
2.進行移植術后的預防用藥。
3.有中樞神經系統損害（如感音性耳聾）的先天性巨細胞病毒感染患兒，以防止聽力損害或惡化。伴有中樞神經系統癥狀的先天性巨細胞病毒感染患兒建議在出生后第1月內進行6周的靜脈更昔洛韋治療。最常見的不良反應為骨髓抑制（2/3的患兒表現為中性粒細胞減少）、血小板減少、貧血和肝腎毒性，一般減少藥量或停藥后可恢復。