一般治療
應加強護理，預防褥瘡及肺部感染等并發癥；同時根據病情采取降溫、抗痙、脫水等處理。顱內高壓危象經藥物治療無效者，必要時可作腦室引流、去骨瓣術等以緊急減壓。
抗病毒治療
由于病損發生在中樞神經系統，故抗病毒治療越早越好；但由于病毒僅在細胞內復制的末期才導致典型癥狀的出現，故抗病毒治療的時機往往偏晚，影響療效和預后。理想的抗病毒藥物能選擇性地抑制病毒核酸和蛋白質的代謝，而完全不影響宿主細胞；但抗病毒藥物尚未能做到這一點，大多存在一定的毒副作用。臨床上較多選用下列幾種。
阿昔洛韋，僅對感染病毒的細胞起作用，而不影響未感染細胞，已成為首選藥物。劑量每次5～10mg/kg體重，靜脈滴注1次/8h，14～21天為一療程；少于10天常有復發。不良反應有震顫、皮疹、血尿、短暫腎功能不全、轉氨酶升高等。近來發現抗阿昔洛韋毒株已有所增多，尤其見于HSV-1型。
阿糖腺苷（Vidarabine），劑量為15mg/（kg·d），共10天。用時須經稀釋，緩慢靜脈滴注，使其濃度不超過700mg/L，滴注時間不少于12h以上。不良反應有惡心嘔吐、造血功能障礙等。
利巴韋林（ribavirin）靜脈滴注，劑量為0.5～1g/d，兒童20～30mg/kg體重，連用7～10天。
腎上腺皮質激素
盡管存在某些爭論，鑒于免疫損害參與本病的發病機制，多數學者仍然主張應用激素治療本病。皮質激素可減輕炎癥反應，解毒和穩定溶酶體系統，降低毛細血管通透性，保護血腦屏障，消除腦水腫，克服脫水劑所致的反跳作用。一旦確診本病，可早期、大量、短程使用激素。以地塞米松（dexamethasone）為首選，一般用15～20mg，稀釋后靜脈滴注，1次/d，10～14天后漸減量。
干擾素及其誘生劑
干擾素對多種病毒具有抑制作用。臨床上常用300萬～500萬U，1次/d，肌內注射，約4周為一療程。
干擾素誘生劑如聚肌胞等，促使人體產生內源性干擾素，用于治療本病的療效尚不肯定。
中醫中藥
中醫治療病毒性腦炎以清熱解毒為主，采用芳香化濁、活血通絡原則。方劑有犀角地黃湯、白虎湯、清瘟敗毒飲、銀翹散等加減；成藥有紫雪丹、安宮牛黃丸等。