1、一般治療：急性期患者應臥床休息，腸道隔離，根據病情給予流質或少渣飲食，慢性患者應避免刺激性食物，注意維持營養，大量腹瀉者糾正水、電解質紊亂，必要時靜脈補液，發生休克時及時輸血，并加用血管活性藥物。
2、抗病原治療：非致病性阿米巴感染、血清抗體陰性者不需治療。對所有致病株感染者，即使無癥狀，均應治療。
大多數抗阿米巴藥物不能對所有部位的病原均有殺滅作用。對侵入組織的阿米巴有殺滅作用者稱組織內殺阿米巴藥，如吐根素、去氫吐根素、氯喹、四環素等；對腸腔內阿米巴有作用者稱腸內抗阿米巴藥，如雙碘喹啉、安痢平、巴龍霉素、安特酰胺等。以甲硝唑為代表的硝基咪唑類藥物對腸內、外病變均有作用。為取得最佳療效，可聯合用藥。
3、并發癥的治療：有細菌混合感染時加用適當的抗生素，腸出血時及時輸血，腸穿孔時及時進行手術治療，并應用甲硝唑及廣譜抗生素。
4、治愈標準：
①癥狀消失，大便性狀恢復正常，每日大便次數不超過2次。
② 停藥后，糞便鏡檢及阿米巴培養，隔日1次，連續2次陰性，慢性患者糞便濃集法找溶組織阿米巴包囊陰性至少2次；乙狀結腸鏡檢查黏膜正常。
③出院后每月隨訪1次(包括癥狀、體征、大便檢查及阿米巴培養)，共6次，各項均為陰性。