1.一般治療
加強支持和對癥治療，控制感染，維持營養和水電解質平衡。對有延髓性延髓性麻痹、吞咽困難和呼吸衰竭者，應采用鼻飼，氣管切開，人工輔助呼吸等。有顱內壓增高者，應給予脫水劑，并加用皮質類固醇藥物，以改善神經癥狀。
2.手術治療
腦干腫瘤在以往被認為是手術“禁區”，這是因為腦干在很小的范圍內集中有許多神經核團、傳導束和網狀結構等。腦干腫瘤多為浸潤性生長的膠質細胞瘤，因而手術困難較大，易造成腦干內的重要結構損傷，手術致殘及手術死亡率較高，預后不良。近年來隨著顯微神經外科技術的迅速發展，使腦干腫瘤手術效果明顯改善。盡管腦干腫瘤手術仍有較大風險，但對于較局限、呈結節狀或囊性變、分化較好的腫瘤，應積極采用手術切除，其預后較好。對于良性型的腦干腫瘤，采取全切除手術方式是可以獲得根治效果的。
此類腫瘤的手術目的在于：①明確腫瘤性質；②恢復腦脊液循環；③良性腫瘤應爭取獲得全切除或次全切除，如星形細胞瘤Ⅰ級、血管網狀細胞瘤或結核球（瘤）等，可望全切而獲治愈效果；④惡性腫瘤亦應力爭全切除，或行次全切除，部分切除，以達到充分的內減壓效果；⑤膠質細胞瘤術后輔以放療和化療，可延長患者的生存期。
3.放射治療
長期以來，放射治療的方法被認為是治療腦干腫瘤的主要手段。根據臨床和影像學檢查可以確診的腦干腫瘤，即可施行放射治療。70%～90%的患者在接受第1個療程放射治療后，癥狀和體征多有改善。一般采用放射總量為50～55Gy（5000～5500rad），療程5～6周；高于6Gy者，易引起腦放射性損傷。放療可以單獨進行，亦可與手術后治療相配合。
4.化學藥物治療
常用藥物有尼莫司汀（ACNU）、卡莫司汀（BCNU）、環己亞硝脲（CCNU）等，依患者病情、年齡及體重等合理用藥。