醫生會通過治療來降低反復發生血栓的危險，包括采用服用維生素B 12和葉酸來降低同型半胱氨酸的水平，如果您有其它遺傳性或者獲得性的危險因素時，就應避免使用避孕藥，還要避免導致血液淤滯的各種情況。 [1]
無論是何病因，對急性血栓形成的治療常常是非常標準化的。一般包括短期肝素抗凝治療（或者更常用低分子量肝素），然后采用肝素和華法林（香豆素）疊加治療，再其后長達數月或更長時間的華法林治療。在治療期間，普通肝素治療用PTT來監測，華法林治療時用國際標準化比值（INR）來監測。用華法林幾個月后，醫生將會評估血栓復發的風險。醫生必須權衡血栓形成的風險與繼續使用抗凝藥物而致出血的風險。如果您反復發生血栓的風險性高，抗凝治療可能還要繼續，如果風險較低，抗凝治療不必繼續，但您需要保持警惕，一旦血栓癥狀復發，要立即復診。
持續抗凝治療的患者，當他們需要進行創傷性的操作和外科手術時，應在醫生的幫助下提前制定方案。通常在手術之前短期停藥。然而，專家建議在牙科手術時不需要停服華法林。手術后，大多數患者，包括那些并不是高凝血癥的患者，將會接受一個階段的預防性抗凝治療。原因在于部分手術例如膝關節置換術后，或者由于手術本身，或者由于手術后恢復期的靜止不活動等情況，都會增加血栓形成的風險。 [1]
懷孕的和有血栓形成的患者通常接受低分子量肝素的皮下注射來進行抗凝治療，當抗凝血酶缺乏的患者不能采用抗凝治療時（例如在圍手術期），采用抗凝血酶因子替代療法最有效；濃縮蛋白C制劑用來階段性補充蛋白C缺乏癥患者，在某些情況下，服用阿司匹林（影響血小板功能）對他們是一個不錯的選擇。