流動注射分析技術的應用，極大的提高了水樣分析速度。特別是隨著由具有良好耐腐蝕性能的聚乙烯、聚四氟乙烯等材料制成的微型管道系統的出現，儀器對樣品以及分析試劑的耐受性大大提高，擴展了儀器對分析方法的適應性，增加了可實現自動分析的水質參數，采用流動注射技術的儀器小型化也成為現實。由于流動注射分析技術具有可以把吸光分析法、熒光分析法、比濁法和離子選擇電極分析法等諸多分析方法的流程實現在管道中完成、需要的試劑量小、易于自動連續分析的優點，在水質在線分析儀器領域得到了非常普遍的應用，幾乎被所有非傳感器形式的在線水質分析儀器所采用。
最近以來，為滿足對水中多種微量成分的實時監測，色譜原理的在線水質分析儀器開始出現，在線離子色譜監測系統監測水中高氯酸鹽和氯酸鹽、在線氣相色譜儀監測水中VOCs(揮發性有機物)的都取得了成功的應用。