迄今尚未明確本病的特異性致病因素，現研究認為與以下因素有關[2]：
1.遺傳
研究顯示炎癥腸病性關節炎具有高度遺傳傾向，遺傳因素在發病過程中起主導作用。涉及的遺傳因素包括HLA-B27基因和HLA-B27以外的相關基因。而以HLA-B27基因與疾病的相關性最為顯著。遺傳易感性導致抗原遞呈異常、自我識別異常、產生針對結腸和結腸外組織的自身抗體等，最終使腸道通透性增加，分泌許多炎癥因子，導致腸道和滑膜炎癥
2.感染
傳統觀點認為，HLA-B27的存在限制了CD8T淋巴細胞的功能，胃腸道的炎癥使致病菌激活淋巴細胞，產生針對關節軟骨的抗體，導致關節破壞。
3.免疫因素
炎癥腸病性關節炎發病時，關節滑膜會出現微小血管增生，大量免疫細胞浸潤，包括CD4及CD8淋巴細胞和巨噬細胞等細胞，它們所介導的免疫反應是炎癥腸病性關節炎重要的發病機制。