二者最主要的不同是其工作肌理不同。
電子探針儀,學名應該是掃描隧道顯微鏡(scanning tunnel microscopy,STM),它的工作原理是用一個針尖在離樣品表面極近的位置慢慢劃過,樣品和針尖上加有恒定電壓,隨著針尖和樣品起伏不平的表面原子距離的改變,二者間的電流會有變化,記錄這個電流的變化進行處理后,可以得到表面的形貌像,這是其中的一個工作方式,還有針尖位置不變,電壓變化的工作方式等。另外STM發展的非常蓬勃,衍生出很多其他類似的分支電鏡,如AFM等。
掃描電子顯微鏡(scanning electron microscopy,SEM),是通過電子束對樣品表面進行反復的掃射,通過探頭收集反射回來的二次電子和背散射電子來進行成像。
二者相同的地方則是主要用作測樣品表面形貌的儀器。
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