傳染病實驗室診斷、傳染源調查、自然疫源地監測、流行病學調查研究，都以檢出特定的病原微生物或其相關物質為目的。這類樣本來源主要是人和宿主動物、媒介昆蟲，也包括水、土壤、食品等樣本供調查傳染源。
1、病原微生物樣本采集的一般注意事項
1）針對性：不要求樣品代表性，強調針對性，盡可能采集病原微生物含量最多的部位。
2）足量：應采用足夠檢測用的樣本，否則可能會得到假陰性結果。
3）多樣性：應采集各種可能作為污染源的食物和環境樣本，以及各種可能含有病原體的臨床樣本。
4）及時性：取樣后應盡快測定，以利于疾病控制和患者的治療。
2、樣本保存、包裝、運送
1）保存：為分離樣本中病原細菌或病毒，應根據樣本運送時間的長短及不同病原微生物對干燥、溫度、營養、pH 值的耐受能力，選擇合適的培養基和推薦保存溫度。分離培養細菌的樣本：在運送培養基中運送并保存于合適的溫度，確保目標細菌的存活并抑制其他微生物的過度生長。除腦脊液、尿液和唾液，其他樣本若不能在 24小時內處理，多數可存放在室溫；若長期保存，除一些低溫敏感細節處，應存放在4℃~8℃條件下。分離病毒的樣本：一般應放在保溫容器（0℃~4℃）里，不可放置超過 2 天，盡早送到實驗室進行病毒分離。如無條件立即運送或不能立即分離病毒時，應將樣本凍存保存。若長期儲存，最好置-70℃凍存。檢測抗原或抗體的樣本：檢測抗體的血清可在 4℃條件下保存約 1 周，最長 10 天，超過 1 周必須在-20℃條件下冷凍。注意避免不必要的反復凍融。運送過程中若無設備保證血清的冷凍狀態，最好不要冷凍血清。在室溫存放血清雖不理想，但仍可用于檢測抗體，甚至是存放數周的血清。不要僅因為沒有冷凍設備而將已采集的血清輕易棄去。保證樣品運送溫度的方法：為維持 4℃~8℃，運送盒中圍繞第 2 層容器至少要填充 4個冰袋，可維持冷藏 2~3 天。為保證-20℃條件，在外包裝袋內用 2kg 干冰，但需確保二氧化碳能釋放以防爆炸，這樣可維持樣本冷凍 1~2 天，為保證-70℃條件，可采用液氮來儲存和運送。
2）包裝：根據國際空運和健康相關條例，任何感染性材料的包裝和運輸都必須遵循 WHO對傳染性物質和診斷性樣本的安全運送指南（WHO，1997）。標準的包裝方法和材料應能確保即使在運送中包裝意外受損時，也能保護人員安全及樣本完整。運送樣本時最安全的方式是用由 3 個包裝對包裝物進行 3 層包裝。如要空運，一個完整包裝的整個外部尺寸不能小于 250px，每個包裝樣本中，樣本量不超過 4kg 或 4L（每個原始容器最大 500ml）。每個包裝樣本中所含的感染物不應超過 50g 或 50ml。運輸樣本的外包裝必須有明確的標簽，標明寄送人和接收人的詳細聯系方式，包裝日期和運輸日期等。附帶的文件包含樣本詳細資料（材料種類、性質、數量和日期），相應的生物危害標簽及所需的保存溫度
3）運送：地面運送樣本時，注意將裝有樣本的箱子緊緊固定在交通工具上，車上還應備有吸水材料、消毒劑、手套、口罩、護目鏡、密封防水的廢棄物容器等防護用品。為避免路途顛簸引起樣本溶血，可在運送前分離血清。在國際、國家和商業有關規定允許下，診斷樣本也可空運，但應注意規范包裝。分離培養細菌、病毒的樣本大多數要求冷藏運送，不耐寒冷的腦膜炎奈瑟菌等應在35~37℃運送。糞便樣本因含雜菌較多，常加入甘油緩沖鹽水保存液，但甘油緩沖鹽水不能用于彎曲菌和弧菌。用于細菌、病毒或寄生蟲分離的血液樣本需低溫保存，不能冷凍，用冰塊而不是干冰運送。檢測立克次氏體類微生物的全血樣本要求干冰保存和冷凍運送。的樣品運送要求低溫快速。從樣本采集到檢測的間隔時間要盡可能短，并盡可能將樣本處于冷藏狀態。檢測前保存時間較長時則需冷凍樣本以防核酸降解。
3、臨床樣本采集
1）糞便樣本采集：在急性腹瀉期及用藥前，采集自然排出的新鮮糞便。黏液膿血便挑取黏液或膿血部分 3~5g；液狀糞便采取水樣便或含絮狀物的液狀糞便 2~5ml；成型糞便至少取蠶豆大小糞塊一塊（約 5g）。采集的樣本盛于含保存液或增菌液的滅菌容器內送檢。若無法獲得糞便，可用保存液或增菌液濕潤過的棉拭子插入肛門4~125px 深處（小兒 2~75px）輕輕轉動一圈，擦取直腸表面黏液后取出，盛入運送培養基或保存液中送檢。注意為保證多個檢驗項目的開展，同一病人應至少采集 2 支肛拭子。
注意事項：勿將尿液或水混入糞便或容器內；任何容器均應用橡皮塞塞緊或螺旋蓋旋緊（此處請注意，這與我們平時說的培養時的蓋子需透氣不一樣）；容器外面切勿沾染糞便；注意貼好標簽；所采取的糞便樣本應盡快送檢，運送時間不得超過 2 小時，否則應保存在 4℃~8℃條件下送檢；集體腹瀉或食源性暴發患者糞便樣本采集的數量應根據患者人數決定。
2）咽拭子、洗漱液或痰液樣本
a.咽拭子的采集：患者仰頭張口，用壓舌板壓舌，將無菌棉拭子伸入口腔涂抹咽部數次后，放入 2mlHanks 液試管中。注意：將接觸手的棉拭子部分及時用無菌鑷子折斷去掉，管子用橡皮塞蓋緊或旋緊。
b.洗漱液的采集：用生理鹽水或自配淡鹽水 15ml 作為洗漱液。先讓病人咳嗽，以洗漱液反復洗漱咽部 1min，直接將洗漱液吐入試管內。
c.痰液的采集
常規痰液：痰液樣本的采集以清晨為佳，因晨痰量較多且病原體含量也高。患者晨起后用清水充分漱口數次，以減少口腔正常菌群的污染，然后用力自氣管深部咳出痰液，吐至無菌容器內，并盡量防止唾液及鼻咽部分泌物混入，加蓋、標識、塑料袋密封、冷藏條件下送檢。氣管洗滌液：取 8~9 號消毒導管，從鼻腔插入氣管內，緩慢注入滅菌蒸餾水 5ml，取出導管，留取患者 3 小時內咳出的痰液，放入無菌容器內加蓋，此法宜在清晨空腹時進行。
d.注意事項：采取樣本的時間一般在發病第 1 天，最遲不超過 3 天，最好選擇體溫在 38℃以上時采集。肺部感染應采痰樣本，以清晨第 1 口痰為最佳。
3）腦脊液（CSF）樣本
一般于出現神經癥狀時采集，查 IgM 只需一份腦脊液，查 IgG 則需收集 2 次，分別于發病初期和恢復期采集。CSF 樣本最好在醫院由有經驗的醫生腰椎穿刺采集，采集量t要求至少 1ml，盡可能采集 3~5ml，采集后分別注入 3~4 支帶螺旋帽的無菌試管中，1ml/管，原則上第 1 管用于細菌學檢測（作厭氧培養時，樣本應注入厭氧瓶內），第 2 管送疾病預防控制中心專業實驗室復核或做其他微生物檢測，第 3、4 管分別用于臨床生化及常規檢測。用于細菌培養的樣本應立即送檢，運送大多不需要運送培養基且不能冷凍。因腦膜炎奈瑟菌離體后迅速自溶，容易死亡，最好作床邊接種。用于病毒培養時也無須運送培養基，樣本在 4~8℃條件下最多可維持 48 小時，更長時間需在-78℃保存。
4）血液樣本
a.物品準備：備齊碘伏、壓脈帶、無菌棉簽、棉球、真空采血針與持針器（或注射器）等，根據檢驗項目備齊各種采血管。
b.采樣步驟及注意事項
確定靜脈：正中靜脈粗大淺表，對受檢者造成的痛苦最小，是最常選用的靜脈采血部位，也可選用其他部位的靜脈；用食指或中指觸摸感覺靜脈位置決定穿刺點。
消毒穿刺點：用碘伏拭子以靜脈穿刺點為中心向外環狀擦拭，范圍直徑至少 250px，風干過程防止接觸此處皮膚，否則需要重新消毒；若采集培養樣本，還需消毒采血管和培養瓶穿刺部位。
穿刺操作：讓受檢者上身與地面垂直，肘部置穩固臺面或床面枕墊上，使上臂與前臂呈直線，手掌略低于肘部，充分暴露靜脈穿刺點；擰松并輕輕除掉針頭上的硬質封套，一只手握住胳膊并繃緊皮膚，另一只手拇指和食指持帶針持針器或注射器與上臂成 15 度角，迅速穿刺進針，感覺針頭前端阻力突然消失并有突破落空感時停止。
觀察回血：進針后一只手固定持針器，另一只手將真空采血管標簽向下置入持針器中并推至頂端，使雙向針后端針頭穿透采血管膠塞，并立即觀察回血；若未見回血，則將其視為帶負壓注射器，在皮下移動尋找靜脈；一旦針頭進入靜脈，即可見回血，此時應囑受者松拳并松開壓脈帶，使采血管底部低于采血針前端。
采集足量樣本：單手繼續固定持針器，管內真空緩慢柔和地將血樣本吸入采血管直至真空耗盡，血流停止。
更換采血器：待血管內血流完全停止后，單手嚴格固定持針器，另一只手拔出采血管并立即輕輕顛倒混勻 5~8 次；若需采集多管血樣本，可再向持針器內插入另一支采血管，然后重復相應步驟。
c.血液樣本采集與處理：作血液病原培養時，嚴格用無菌穿刺法采靜脈血，成人采血10~15ml，兒童 2~5ml，嬰兒 0.5~2ml。所采血液移入無菌有螺口、加入抗凝劑的容器或培養瓶中送檢。作病原培養的血液樣本在環境溫度下大多可存放 24 小時，如時間更長則需在 4~8℃下保存或運送。作抗體檢測時，用于檢測 IgM 的血清一般采于發病 1 個月內；用于檢測 IgG 的血清應收集 2 次，第 1 次于發病初期（1~3 天），越早越好，第 2 次一般在恢復期（第 1 次采血后 3~4 周）。檢測雙份血清抗體滴度，有 4 倍以上升高時有診斷意義。用于微量法檢查抗體的樣本，可用三棱針刺手指或耳垂部，再用毛細管采集，一般不少于0.3ml。采集血清樣本可將 10ml 靜脈血移入無抗凝劑的無菌螺口管，室溫靜置 30min 使之凝集，然后置冰盒中 4~8℃條件下至少 1~2 小時（在此溫度下可保存 48~72 小時）。血清樣本可在實驗室低速離心（1000×g10min）以棄殘存血細胞。如能立即檢測，采集的血液應在室溫下 24 小時內盡快分離血清；如果 24 小時內不能送達實驗室，應在運送前盡可能分離血清。血清在 4~8℃條件下最多保存 10 天。如果長期不檢測，應冷凍血清。若現場不能分離血清，血樣本應在 4~8℃條件下保存，未分離的血樣本不能冷凍保存。作血片、暗視野檢查可采耳垂血或指血。當懷疑為真菌感染時，應采集雙份量，分別作雙相培養。
5）尿液樣本：一般應采集晨起第一次尿液送檢；原則上應在使用抗菌藥前采樣。一般采集中段尿，體檢和門診患者多自取。住院病人需作病原檢查時，成年女性以肥皂水洗外陰，再以滅菌水或 0.1%高錳酸鉀溶液沖洗尿道口，然后排去前段尿 10ml 左右于無菌容器內，立即送檢；男性先用肥皂水清洗尿道口，用清水沖洗后，采集中段尿送檢。對昏迷或尿潴留患者可通過導尿術留取樣本；當懷疑菌尿來自腎盂時，可用導尿管采集左右兩側腎盂尿（此法一般請泌尿科醫生協助采集），左右側樣本應標記明確，避免錯誤。用導尿管采尿一般為 10~15ml，若為長期留置尿管者，應更換新尿管留取樣本。樣本最好在 2~3 小時內送到實驗室檢測，否則也不要冷凍，可在 4~8℃條件下保存運送樣品，低溫可抑制污染菌的過度生長，維持病毒的穩定。
6）皮膚樣本
大多數皮膚病的診斷主要依據體格檢查和臨床病史，不需要采集樣本。在診斷不明確、表現異常等少數情況下，需要采集皮疹或皮膚病變樣本。出現囊皰疹或膿皰疹時，可直接從囊泡或膿泡采集液體用于鏡檢，或選擇典型或透明清亮的新鮮皰疹，用無菌生理鹽水棉簽清潔表面兩次并蘸干皮膚后，用無菌針尖刺破皮膚皰疹，用無菌棉簽擠出并蘸取皰疹液立即置于盛有細胞維持液的塑料離心管中，旋緊螺蓋，用于培養。再次用生理鹽水或消毒酒精擦拭進針部位，無菌干棉簽按壓少頃，防止感染。懷疑皮膚炭疽或淋巴腺鼠疫時可從病變皮膚（焦痂和腹股溝淋巴結）取樣做細菌學培養。
7）其他臨床樣本
a.生殖器器官樣本
外陰部樣本：采用無菌棉拭子直接擦拭男性或女性外陰部潰瘍面采分泌物，放入采樣液中，旋緊蓋子，標記后塑料袋密封，立即低溫運送至實驗室。陰道、尿道、前列腺和子宮分泌樣本 女性患者用肥皂及 0.1%高錳酸鉀溶液沖洗外陰和尿道口；男性患者用 2%紅汞或 0.1%苯扎溴銨消毒尿道口后，用無菌紗布或無菌干棉球拭干，再以無菌操作方式采取腔道內病變部位樣本。
b.穿刺液樣本 包括膽汁、胸水、腹水、心包液、關節液和鞘膜液等，原則上需請臨
床醫師在使用藥物前以無菌穿刺術抽取；胸水和腹水抽取量均為 5~10ml，心包液和關節液等為 1~5ml；樣本抽取后立即以無菌操作法注入含抗凝劑的無菌試管中，充分混合后立即送檢。
c.角膜拭子樣本 用濕潤的無菌棉簽在眼角膜下部輕輕擦拭 2~3 次，采集分泌物，置保存液中混勻，標識后冷藏送檢，或低溫保存。
4、動物宿主樣本采集
1）家畜樣本采集：參照臨床樣本和解剖樣本采集
2）野生大動物和鳥類樣本采集：按檢驗需要抽心血、取臟器和采集體處寄生蟲，分別送檢。
3）嚙齒類動物樣本采集：鼠間鼠疫流行的疫源地按鼠疫耶爾森菌的方法采集。疫源監控按鼠密度調查方法捕捉。在寄居洞口和鼠行路或人行小路兩側，間隔 2~5m 放籠，傍晚放，清早收，捕獲籠用布袋套裝送檢驗室，檢菌前鑒定鼠種，寄生蚤并作記錄。
4）昆蟲及節肢動物樣本采集：應采集活樣本，并保持肢體完整，以利動物種類的鑒定。運送的容器要透氣并保持所需的溫濕度和避免擠壓。采集的數量：蚤≥50 只，蜱≥20只，昆蟲 20~50 只。采集方法參見相應經蟲媒傳播微生物的樣本采集。