1.采集標本 淺部真菌的標本有毛發、皮屑、甲屑、痂等，標本在分離前常先用75%的乙醇消毒。深部真菌的標本可根據情況取痰、尿液、糞便、膿液、口腔或陰道分泌物、血液、腦脊液、各種穿刺液和活檢組織，采集標本時應注意無菌操作。
2.檢查方法 真菌檢查的方法主要有：吉林市人民醫院皮膚科馮志宏
（1）直接涂片：為最簡單而重要的診斷方法。取標本置玻片上，加一滴10%KOH溶液，蓋上蓋玻片，在酒精燈火焰上稍加熱，待標本溶解，輕輕加壓蓋玻片使標本透明即可鏡檢。可用于檢查有無菌絲或孢子，但不能確定菌種。
（2）墨汁涂片：用于檢查隱球菌及其他有莢膜的孢子。醫學教育|網搜集整理方法是取一小滴墨汁與標本（如腦脊液）混合，蓋上蓋玻片后直接鏡檢。
（3）涂片或組織切片染色：涂片染色可更好地顯示真菌形態和結構。革蘭染色適用于白念珠菌、孢子絲菌等；瑞氏染色適用于組織胞漿菌；組織切片通常用PAS染色，多數真菌可被染成紅色。
（4）培養檢查：可提高真菌檢出率，并能確定菌種。標本接種于葡萄糖蛋白胨瓊脂培養基（Sabouraud agar）上，置室溫或37℃培養1～3周，必要時可行玻片小培養協助鑒定。菌種鑒定常根據菌落的形態及顯微鏡下形態判斷，對某些真菌，有時尚需配合其他鑒別培養基、生化反應、分子生物學方法確定。
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